La LPO a engagé de nombreux recours contre les arrêtés préfectoraux autorisant la régulation des grands cormorans sur les plans d’eau et cours d’eau (« eaux libres ») fondés sur la menace que ferait peser la prédation du Grand cormoran sur la conservation des poissons protégés ou menacés.
Partout en France, les tribunaux administratifs ont systématiquement annulé ces arrêtés, estimant que cette menace n’était pas démontrée.
En septembre 2022, tirant les conséquences de toutes ces annulations contentieuses lors du renouvellement de l’arrêté cadre triennal permettant aux préfets de prendre des dérogations à l’interdiction de détruire cette espèce protégée, les ministères de l’Écologie et de l’Agriculture ont décidé de ne fixer aucun quota de destruction en eaux libres pour la période 2022-2025 dans un arrêté ministériel du 19 septembre 2022.
Insatisfaite de cette décision, la Fédération Nationale de la Pêche en France a alors saisi le Conseil d’État d’une demande de suspension de cet arrêté ministériel en tant qu’il mettait en danger certaines espèces de poissons menacées ou protégées.
Lors de l’audience du 8 novembre, la LPO est intervenue aux côtés du ministère de la transition écologique et de la cohésion des territoires pour défendre l’arrêté, faisant notamment valoir que les publications scientifiques étudiant les relations prédateurs-proies et portant sur le Grand cormoran concluaient à l’absence d’impact significatif de la prédation sur les populations de poissons.
Dans l’ordonnance rendue ce 10 novembre 2022, le Conseil d’État a rejeté la requête de la FNPF.
Suivant les arguments de la LPO, la Haute Juridiction rappelle que l’État ne doit fixer des quotas de prélèvement que sous réserve que la nécessité de ces prélèvements soit justifiée au regard des critères de dérogations fixés à l’article L411-2 du code de l’environnement et découlant de la Directive Oiseaux. En l’occurrence, ces prélèvements doivent donc être justifiés par la protection des poissons.
Or, le Conseil d’Etat relève qu’ « Il ne ressort pas des pièces du dossier, ainsi que des éléments recueillis à l’audience, que la prédation des grands cormorans sur les plans et cours d’eau libres porte sur des espèces aquatiques protégées ou menacées une atteinte telle qu’elle imposait, à la date de l’arrêté litigieux, une telle dérogation »