Le siège national de la LPO France est basé à Rochefort (Charente-Maritime). Des équipes délocalisées travaillent dans les Cévennes et les Pyrénées, ainsi que dans des Réserves naturelles en Nouvelle Aquitaine, Pays de la Loire et en Bretagne. Des délégations territoriales existent à Paris (LPO Ile de France), à Poitiers, Puymoyen et La Rochelle (LPO Poitou-Charentes), Limoges (LPO Limousin) et Bordeaux (LPO Aquitaine).