La LPO est d’emblée défavorable aux aménagements envisagés dans les sites Natura 2000 lorsqu'ils peuvent avoir une incidence négative sur la biodiversité.
Au quotidien, la LPO et ses Associations Locales veillent à ce que les projets d’aménagement n’impactent pas la biodiversité : de nombreux avis sont donnés sur les projets d’aménagement et il arrive que la LPO fasse des recours sur les projets accordés dont l’impact est négatif.
La LPO soutient donc d’abord l’évitement (exemple : l’Aéroport de Notre-Dame des Landes jugé inutile), puis la réduction d’impact. Le positionnement sur les mesures de compensation ne vient qu’ensuite (exemple : la LGV Tours-Bordeaux).